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1989年1月，73岁的南非总统皮特·威廉·博塔心脏病发作，不得不由宪法发展部部长扬·汉尤尼斯代行总统职权，并且辞去了南非国民党领袖职务。当年3月，国民党推举53岁的教育部长弗雷德里克·威廉·德克勒克接任博塔的总统职务，但遭到这位绰号“大鳄“（diegrootkrokodil）的铁腕人物的拒绝。博塔表示，他完全能够干到1990年3月，即这届任期期满，并表示要竞选下一届为期五年的总统任期。但是在党内主要政治人物的压力下，博塔最终在8月14日辞去了南非总统职务，由德克勒克接任，从而揭开了南非白人种族主义政权的谢幕倒计时。
德克勒克就任后不久，就下令释放因反对种族隔离政策而入狱的非洲人国民大会（非国大）领袖纳尔逊·曼德拉，并在1990年解除戒严。1991年南非共和国废止了种族隔离政策的三大基石--《人口登记法》、《原住民土地法》和《集团地区法》，从而在法律上取消了种族隔离政策。1994年4月南非举行首次不分种族的全民大选，曼德拉以优势票数当选为新总统，从而正式宣告长达半个世纪的南非种族隔离制度的终结。
南非的种族隔离政策源于其“双重殖民“的独特历史。17世纪初，荷兰东印度公司在今天的好望角地区建立了殖民点，为绕过好望角贩卖东印度香料的荷兰商船提供粮食、牛肉、烟草、淡水等补给。殖民者最初建立的是自由农庄，后来从安哥拉地区输入了第一批奴隶。住在开普地区的纳马人（霍屯督人）脱离自己的氏族，以替白人畜牧、劈柴、作仆人为生，从而逐渐沦为奴隶，并在南非荷兰裔（布尔人）社会当中形成了奴役当地土著的传统。
由于天花等疾病的影响，住在白人殖民区附近的纳马人大量死亡，于是荷兰农民在18世纪对人口空虚的内陆地区发动多次“远征“，从而将土著驱逐到南非西北部荒凉不毛的卡拉哈里沙漠地区。另一方面，原本居住在西非和中非地区的班图人在1600年前后开始大批南下。众多的班图族部落--赫雷罗人、奥万博人、苏陀人、祖鲁人，以及曼德拉所属的科萨人--渡过林**河，进入今日的津巴布韦、博茨瓦纳、纳米比亚和南非地区。他们也战胜了原先居住在那里的纳马人和科伊桑人（布须曼人），把这些从事原始狩猎采集的弱小民族消灭掉或驱逐走。苏陀人在1700年前后到达瓦尔河（在南非中部），科萨人在同一时期抵达南非东海岸的凯河地区，从而与荷兰布尔人殖民者的先驱部队迎头相遇。此后这两个种族集团互相对峙了一百多年，双方都未能再继续前进一步。
拿破仑战争之后，英国30多万复员士兵和水手涌入劳动力市场，造成了严重的社会问题。为此英国政府决定向地广人稀的北美、澳洲和从荷兰手中得到的开普殖民地移民。到1830年前后，开普殖民地的英国人数量很快压倒了布尔人。英国当局宣布开普殖民地的土地是“皇家土地“，布尔人不能再免费占据土著的土地，而且当地原先的奴隶制度也受到限制。对英国统治感到不满的布尔人在1836年前后大批离开开普殖民地，向内陆前进，渡过瓦尔河，建立了德兰士瓦共和国、奥兰治自由邦、纳塔利亚共和国等多个自治政权。但英国势力也逐渐北上，先吞并了纳塔利亚共和国和第一次德兰士瓦共和国，后来经过残酷的布尔战争，在1902年吞并了第二次德兰士瓦共和国和奥兰治自由邦，从而将南非布尔人全部纳入英属南非的政治体系之中。
然而从民族性格和宗教传统来说，布尔人和英国人有很大的不同。布尔人主要有两个成分，一是荷兰移民，他们多是加尔文派教徒的后裔，一是躲避宗教迫害的法国雨格诺派教徒，雨格诺派也是加尔文教派的别称。这个教派是新教当中最偏执、最严肃死板的教派之一，反对音乐，反对唱歌跳舞，反对过圣诞节，反对一切快乐的东西，主张过清规戒律的苦修生活。17世纪英国的清教徒也与此类似。他们还有一个特征就是认为自己是最优秀的基督徒，带有一种宗教优越感，在南非则发展成种族上的优越感。这种优越感一是针对黑人的，还有一方面就是针对英国移民的。此外布尔人过去有自治传统，采用的是欧洲大陆的罗马法体系，而英国在南非殖民地推行的是普通法法系，布尔人由于语言不同而被排除在陪审团之外。
另一方面，当时的英国人对布尔人也有一种优越感，认为南非布尔人都是农民，低贱下流，顽固不化。许多布尔人因为轻微的过错而受罚。布尔人的小孩如果在英国人的学校里讲布尔语，会被挂上牌子示众，上面写着“我是一头驴，我讲布尔语“。在1900年到1902年的布尔战争中，英国人对布尔人还采取过非常残酷的焦土政策和集中营关押，两万多布尔人妇孺因为饥饿和疾病死在集中营里。这些历史都加重了布尔人与英国人之间的隔阂，并且加深了布尔人本身的民族主义意识。荷兰早就停止向南非输送新的移民了，这些布尔人变成撒哈拉以南非洲唯一的“土著白人民族“，他们认为自己处于一种“孤立无援“的状态，这种状态很像以色列的犹太人。外民族的每个人--包括黑人，也包括英裔白人--都被认为是潜在的敌人。布尔人尤其憎恨英国人。虽然南非曾经在两次世界大战中都站在英国一边参战，但布尔人却在1914年发动了亲德国的兵变，并在1939年成立了亲纳粹德国的特务组织奥瑟瓦·布兰德威格（ossewabrandwag）。布尔人的南非国民党掌握了南非政权后，甚至在1961年宣布废黜英国女王的国家元首地位，退出英联邦，并把政体从自治领改为共和国。
1902年英国吞并了两个布尔人共和国之后，布尔人在南非白人中所占的比例上升至60%，从而为其创造了有利的政治局面。1910年，布尔人的极端政治组织“南非党“在大选中击败了亲英的“联邦党“，开始把过去德兰士瓦共和国和奥兰治自由邦的一些有关种族歧视和种族隔离的法律推行到南非全国。推行强硬民族主义的南非国民党在1948年大选中击败了由德高望重的扬·史末资元帅（他是亲英的布尔人）领导的联邦党，从而开始了其历时甚久、从未间断的长期执政。
历届南非国民党领袖，如丹尼尔·马兰、约翰内斯·斯特雷顿、亨德里克·维沃尔德等人，都认为取消种族隔离制度会最终导致南非白人的消灭，该党在上台后不久很快就颁布了一整套种族主义的法律，并且极其严厉地推行，以加强其所谓“自我保护“。这就是臭名昭著的“apartheid“（南非荷兰语，意为“处于隔离的状态“，意即种族隔离）。
整个“种族隔离“理论实际上是借用纳粹主义理论作为其哲学基础的，其基本意义是“一个人的肤色确立他的身份“。这套制度把南非人分为白人、有色人种（十七世纪荷兰白人和土著纳马人通婚的后代）、印度人、马来人、黑人几个基本的种群。犹太人被划为白人，华人被划为白人下面的一个亚种群，日本人则被归为“荣誉白人“。南非政府甚至成立了一个由白人组成的“人口登记委员会“，其成员用几个月的时间来调查申请者的皮肤颜色、面部特点和头发的组织结构，以此来决定是否批准其改变种族身份的请求。
种族隔离的另一个目的是保证“种族的纯洁性“--1949年的一项法律规定不同种族之间的通婚为非法，1953年的另一项法律不准不同种族之间的人发生性关系--但是这套理论和纳粹的种族学说如此相像，以至于南非政府最后都不敢堂而皇之地使用“apartheid“这个词了，而是代之以“多元民主“或“各自发展“这种委婉的说法。但是无论其名称如何，都不能掩盖这样的实施：这个制度的真实意图是为了保持白人的“basaskap“（优越地位），把占人口大多数的非白人变成人口占极少数的白人的工具。
在七十年代，南非国民党统治下的白人种族主义政权发展到了极盛时期。南非政府利用廉价的黑人劳动力，白人的管理才干，还有无穷无尽的矿藏--黄金、钻石、白金、铀、锰，以及占全非洲储量87%的煤炭--已经把南非建设成非洲唯一一个接近于西方发达世界的国家。当时的南非经济基础稳固，基础设施发达，按照白人的人均收入计算是世界上最富裕的国家之一，也是当时世界上十一个粮食自给有余并有余粮出口的国家之一。其黄金开采量占世界的四分之三，能够制造从电冰箱到汽车的各种产品，每年出口大量的粮食、葡萄酒、纺织品和机器。当时的南非在经济上自给自足，足以顶住全世界的制裁，并令当时处于经济衰退的欧洲国家咂舌称羡。
值得一提的是，虽然南非白人政权对黑人采取种族隔离政策，但南非黑人的总体生活状况却是撒哈拉以南非洲最好的，受教育程度最高，能得到最好的医疗保健--位于约翰内斯堡郊区黑人城镇索韦托的巴拉格旺纳斯医院是非洲最大的医院。在种族隔离时期的南非，也有许多黑人医生、黑人律师、甚至腰缠万贯的黑人富翁（与其他非洲国家不同，种族隔离时期的南非甚至还有少量的贫穷白人）。许多非洲政权，比如阿明的乌干达和博卡萨的中非帝国，在对待本国黑人时采用的各种手段比南非国民党更加残酷。但是这个事实并非“种族隔离可以接受“的依据。南非黑人并不愿同非洲其他国家的黑人比（许多南非黑人至今仍对来自津巴布韦、莫桑比克等国的贫穷黑人也采取歧视和仇恨的态度），而是和南非白人所享受的种种机遇和特权来对比。在种族隔离时期，南非黑人受到三百多项歧视性法律的限制，这些法律规定黑人可以在什么地方居住、工作、吃饭、旅行，可以和什么人结婚，规定年满16岁的黑人必须携带身份证，天黑之后不能进入白人居住的城镇。对于南非黑人来说，这是最大的不公平。